1988년 「7·7특별선언(민족자존과 통일·번영에 관한 특별 선언)에 따라 남북한 간의 교류협력을 제도적으로 보장한 「남북교류협력에 관한 기본지침」('89.6.)이 제정·시행된 이후 남북한 간의 인적·물적 교류가 증대

이에 정부는 남북한 간 교류협력 촉진·지원대책의 일환으로 남북한 간의 상호교류와 협력사업에 필요한 자금의 확보 및 공급으로 남북교류협력의 촉진과 민족공동체 회복에 기여함을 목적으로 하는 남북협력기금을 설치키로 하는 계획을 수립

정부는 동 기금 설치를 위한 법령제정에 착수하여 국무회의 의결('90.2.)을 거쳐 제 150회 임시국회('90.7.)에서 통과된 「남북협력기금법」을 공표하고, 1991년 3월 남북협력기금을 공식적으로 설치